マルチドメイン証明書のコモンネームと追加ドメインを入れ替えることはできますか？

いいえ、入れ替えることはできません。

申請の際、指定したCSRのコモンネームは、SSL証明書発行後に変更することはできません。

コモンネームを変更する場合は、改めて、注文・申請する必要があります。